В 1207 году Молога по завещанию великого князя Всеволода Георгиевича Большое Гнездо вошла в состав удела Ростовского князя Константина Всеволодовича Мудрого. Перед своей кончиной в 1219 году он передал великокняжеский престол брату Георгию Всеволодовичу, а сыновьям своим дал уделы: Ростов и Белозерск – старшему Васильку, Ярославль, Мологу и заволжские земли до Кубенского озера – Всеволоду, а Углич – Владимиру.
Зимой 1238 года монголо-татарские завоеватели вторглись на земли Владимиро-Суздальского княжества. Великий князь Георгий Всеволодович оставил стольный град Владимир и пошёл собирать силы на территории нынешней Ярославской области. Соединившись с ростовской, ярославской и угличской дружинами, он направился на окраину Владимиро-Суздальского княжества – реку Сить. На рассвете 4 марта 1238 года к княжескому стану прискакал с остатками 3-тысячного засадного отряда воевод Дорож (Дорофей Семёнович) с недоброй вестью: «А уже, княже, обошли суть нас около татарове». Вскоре как с верховья, так и снизу реки Сить набросились полчища воинственных кочевников на немногочисленные полки русских воинов. Отчаянно бились русские воины в неравной сече, но враг превосходил числом и умением. Особенно ловко, на полном скаку, татары метали тучи стрел. К концу дня окровавленный снег на Сити на протяжении нескольких десятков километров был усыпан трупами. В несчастной битве пал великий князь Георгий Всеволодович. Его обезглавленное тело нашёл по княжескому одеянию митрополит Кирилл. Тело убитого Ярославского князя Всеволода не было найдено.
Владимир Угличский бежал в Новгородскую землю. Красивый и храбрый князь Василько Ростовский из-за ранения попал в плен. Мужественный князь понравился хану. Татары стали убеждать русского воина переменить веру и перейти на службу к Батыю. Но князь отказался брать пищу из рук врагов и был ими замучен и брошен в Ширенском лесу. В городе Ярославле вместо убиенного Всеволода стал править его сын Василий. Зимой 1249 года двадцатилетний князь Василий по приезде в город Владимир для свидания с великим князем Александром Невским заболел и 8 февраля умер. Ярославское княжение принял его младший брат Константин. В те годы ватаги татар творили новые бесчинства на Русской земле.
3 июля 1257 года степняки подошли к Ярославлю. На горе вблизи реки Которосли ярославская дружина во главе с Константином вступила с ними в сражение. Мужественно дрались ярославцы, но монголы одолели, и гора покрылась трупами. В числе убитых оказался и Константин. Ярославцы долго после битвы приходили сюда тужити (печалиться) по убитым, с тех пор эта гора зовётся Туговой.
После гибели Константина при Ярославском княжеском дворе остались только вдовы – супруги Всеволода и Василия и дочь последнего Мария. К Марии посватался и женился смоленский князь Феодор Ростиславич Чёрный, получивший от старших братьев лишь крохотный Можайск. У Марии и Феодора родились две дочери и сын Михаил. В те годы хану Менгу-Тимуру требовалась помощь в усмирении ясов (алан) и болгар, и ярославский князь в числе других русских князей был вызван в Орду. Красивый и решительный князь понравился хану, а ханская дочь влюбилась в него. Супруга хана хотела выдать за него свою дочь, но Феодор сказал, что женат, а православная вера не позволяет иметь других жён. Однажды задержка князя Феодора в Орде растянулась на три года. Во время его долгого отсутствия умерла жена, а княжеский престол, по наущению своей бабушки Ксении, занял его сын Михаил. При возвращении Феодора в Ярославль его встретили ярославские бояре и властолюбивая правительница тёща Ксения. Они заявили, что в городе правит его сын княжич Михаил, и не пустили Феодора Чёрного в свой удел.
Уязвлённый князь вынужден был вернуться в Орду. Феодор дал согласие жениться на ордынской царевне с условием принятия ею православной веры. Ордынский властитель сам обратился к константинопольскому Патриарху за благословением этого брака. При крещении ханская дочь получила имя Анна. В столице Орды у Феодора и Анны родились сыновья Давид и Константин. Княжна Анна отличалась благочестием и строила церкви для проживающих в неволе русских людей. Примерно в 1287 году из Ярославля пришло известие о смерти княжича Михаила, и рвавшийся из Орды Феодор обратился к хану с просьбой отпустить его с семейством в Ярославль. Хан дал такое согласие, Феодор занял ярославский княжеский престол, где правил в мире и тишине многие годы. Благодаря родственным отношениям Феодора с властителем Орды город на Волге избежал новых татарских нашествий.
После кончины Феодора Чёрного Ярославским княжеством 22 года управлял его старший сын Давид. При нём был основан на левом берегу Волги Толгский монастырь. Князь Ярославский Давид Феодорович прожил короткую, но благочестивую жизнь. Он умер зимой 1321 года, когда старший его сын Василий имел не более 10 лет, а младший Михаил ещё менее. Став совершеннолетними, братья разделили между собой Ярославское княжество. Младшему князю Михаилу Давидовичу достался удел по рекам Мологе до Устюжны включительно и Волге от реки Белой Юги до реки Юхоти.
При устье реки Мологи были срублены крепость и княжеские палаты, в которых очевидно после женитьбы поселилось княжеское семейство. Известно, что крепость опоясывал земляной вал, изображение которого стало составной частью герба города Мологи. Моложское княжество было довольно обширным. На реке Мологе кроме одноимённого города в него входили нынешние города Весьегонск (в Тверской обл.) и Устюжна Железнопольская (в Вологодской обл.). Вдоль Волги Мологские владения простирались от нынешнего пролива между Юршинским островом и материком до нынешнего города Мышкина, включая земли северо-западной окраины Рыбинского района.
При князе Михаиле Моложском в 50 верстах от устья реки Мологи в древнем Холопьем городке возникла международная ярмарка с меновой торговлей. История её возникновения, о которой спорили иностранные писатели и путешественники в XVI веке, загадочна и длинна. Позже по разным причинам эта ярмарка переводилась в другие города и окончательно обосновалась на Окской пойме Нижнего Новгорода. То есть Холопья ярмарка является прародительницей знаменитой Нижегородской ярмарки.
Дружина мологжан участвовала 8 сентября (ст. стиль) 1380 года в Куликовской битве. Князья Феодор и Иван Михайловичи Моложские вместе с князем Василием Васильевичем Ярославским и боярином Львом Морозовым сражались на правом крыле русского войска. В этой битве Иван Михайлович Моложский погиб. В отличие от Ситского побоища битва на Куликовом поле завершилась победой русского войска. Феодор Моложский передал Афанасьевскому мужскому монастырю под Мологой образ Богоматери – благословение отца и деда. Эта икона впоследствии была объявлена чудотворной, а по письму названа Тихвинской. В 1929 году эта святыня была передана в Мологский уездный музей им. Н. Н. Розова. Во время кампании изъятия из музеев предметов из цветного металла в 1930 году древнюю икону вместе с рядом других экспонатов забрал (сохранился акт изъятия) исполняющий должность начальника Мологского ОП ОГПУ А. В. Бажанов. С ликвидацией города Мологи из-за строительства водохранилища след древней Мологской святыни затерялся.
После кончины Феодора Моложский удел наследовал старший его сын Дмитрий Феодорович по прозванию Перина. Второй сын Феодора Семён получил удел по реке Сить, а третий Иван – владения по реке Редьме, центром которых стало село Прозорово. Территория непосредственно Моложского княжества стала ещё меньше, так как из него выделились земли Шумаровского, Сицкого и Прозоровского княжеств. После Дмитрия Феодоровича Перины Моложский княжеский престол наследовал его сын Пётр, но род его в третьем колене пресёкся. Ярославские князья с 1339 года признавали великого князя Московского за верховного Государя, но они не утратили наследственные права, имели своё войско и монету. Ярославские и моложские князья самостоятельно, минуя великого князя, отправляли дань в Орду. Но последний Ярославский князь Александр Феодорович (Брюхатый), дяди и племянники его, видя возрастающее могущество Москвы, понимали, что им не удержать наследственные владетельные права, и добровольно, наверное за какую-то плату, передали эти права великому князю Московскому. По смерти в 1471 году Ярославского князя Александра Феодоровича Ярославское и Моложское княжества стали составной частью создаваемого Иоанном III Московского государства.
Северный край